仪器简介：

Discovery Studio™ (简称DS), 基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它应用于蛋白质结构功能研究，以及药物发现。为科学家提供易用的蛋白质模拟、优化和药物设计工具。通过高质量的图形、多年验证的技术以及集成的环境，DS将实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。

DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。DS可以应用于生命科学以下研究领域：新药发现，生物信息学，结构生物学，酶学，免疫学，病毒学，遗传与发育生物学，肿瘤研究。

仪器特点： 

利用Discovery Studio软件进行分子设计和模拟的基础，支持服务器-客户端安装在同一台机器的运行模式，提供可视化界面，与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。

仪器信息：

仪器型号：Discovery Studio™

生产产家：创腾科技 

仪器价格：60.41万元

购置日期：2015.10

Discovery Studio生命科学分子模拟软件操作过程

一、开机：按住服务器开机电源键开机，开启软件。

二、软件操作-小分子配体准备

1.  调用 Sketching 功能: View → Toolbars→Sketching。

2.  根据载入文件类型选择窗口：File→ New → Molecule window/ Protein Sequence Window/ Nucleotide  Sequence  Window/ Script  Window

3.  若配体数目较多，可用Prootocol  Explorrer中的 Prepare Ligands 处理该体系，可产生三维结构，加氢，还可产生异构体，用 Linpiski’s rules of five 作为筛选条件。

4. 从Files Explorer中选择并双击打开 Samples|Tutorials|QSAR|pk-400.sd 文件，默认为以表格浏览器（Data Table View）形式打开。

5. 选择前 10 行（即前 10 个分子），按下 CTRL+C。点击new, 打开一个新的窗口，在新窗口中按下 CTRL+V，将前 10 个分子粘贴至新窗口中。将相应分子的表格属性中 visible 前勾选上，即可观看分子结构。展开工具栏中 Small Molecules|Prepare or Filter Ligands，点击 Prepare Ligands， 打开相应的流程参数面板。

6. 点击 Run 运行作业，等待作业完成。任务运行完毕，跳出提示框。

7. 输入的 10 个结构，经过处理后共产生 29 个配体分子。

8. 点击 Report，打开 report 页面。

9. 点击 View results 观察处理后的分子结构。从菜单中选择 Window | Close All，关闭所有窗口。

注 ： DS 中 也 可 基 于 一 定 的 力 场 对 小 分 子 结 构 进 行 优 化 ， 展 开 工 具 栏 中 Small Molecules|Minimize Ligands，点击 Full Minimization 即可。

蛋白文件的处理

三、软件操作-蛋白结构的载入

1.介绍三种蛋白结构的载入方法。

1.1 可通过 DS 直接从 PDB 库中下载蛋白结构

点击菜单栏 File|Open URL ，直接输入蛋白 ID 号。如果机器联网，即可直接下载到视窗中。

1.2 可通过流程浏览器中的 RCSB Structrue Search 模糊查询所有符合条件的蛋白，展 开 工 具 栏 Macromolecules|Query  Online  Databases|Search  Databases ， 点 击 RCSB Structrue Search 按钮， 流程对应参数打开。

可通过 ID 号，配体结构信息，实验方法，作者名称等信息查询，可按需要进行检索。

1.3 从 File 中直接打开本地文件

2. 蛋白文件处理

本例采用第三种载入蛋白的方式，从 File|Samples|Tutorials|Receptor-Ligand Interactions 文件夹中找到并双击打开 1aq1.pdb。Ctrl+H 打开系统视图，Ctrl+T 打开表格浏览器，从左边的树状窗口中选择水分子（图 7），点击键盘 Delete 删除。展开工具栏中 Macromolecules|Prepare Protein| Mannual Preparation 工具面板，点击 Clean Protein。可去除蛋白多构象，补充非完整的氨基酸残基，为蛋白加氢等，具体参数设置可选择菜单栏Edit>Preference>Protein Utilities>Clean Protein 进行设置Preferences 对话框经过处理的蛋白，可进行后续的对接等操作，也可对其显示方式作改变。鼠标右键选择 Display  Style，Atom 一栏选择 Line，Protein 一栏选择 Off，其它参数默认，蛋白即可按照每个氨基酸残基以线状显示。

注：此外，也可以通过展开工具栏中 Macromolecules|Prepare Protein|Automatic Preparation，点击 Prepare  Protein对蛋白进行预处理，包括在不同 pH 条件下的质子化状态，缺失 loop的补充等。

注意事项：

未经培训一律不得上机作，如需使用请联系平台工作人员。